长春市委、市政府对组织实施创新基金工作一直十分重视。自1999年创新基金设立以来，长春市科技局每年都组织召开专门会议，根据基金指南的要求，宣传和讲解创新基金工作的重要意义，以及项目申报材料的组织、准备和申报的程序等，广泛动员全市各方面力量，积极筛选和推荐申报创新基金项目。为了鼓励全市各区（市）县、开发区积极推荐申报创新基金项目，同时也降低企业的申报成本，长春市还制定了对积极推荐申报国家创新基金项目并获准立项的推荐单位给予前期工作补助费的政策。为此，全市各县（市）区及长春高新技术产业开发区都积极组织开展创新基金的项目推荐申报工作，并且形成了由市科技局、长春高新区管委会、省科技厅等多途径推荐申报的畅通渠道。

    自1999年以来，长春市共获得国家中小企业创新基金资助项目82项，资助资金5538万元。
在创新基金管理工作中，长春市科技局采取了由高新技术及产业化处负责项目申请和推荐上报等工作、计划财务处负责立项后的监理工作链式管理的方式。

     创新基金执行以来，长春市科技局推荐并获得批准立项的项目虽然不多，但是通过筛选和申报工作，逐步使一大批中小企业对创新基金有了一定的了解和认识，推进技术创新的意识和能力有了提高，对加速推进全市各个行业的技术创新水平起到了积极的推动作用。

     长春市科技局申报并监理实施的6个国家创新基金项目，多集中于光电子信息领域，这也是长春市具有一定比较优势，而且重点发展和支持的领域和产业。创新基金项目的实施使长春市在这一领域培育出了一些重点骨干企业和重点产品。如长春长白实业有限公司及其计算机软件产品，近两年来年销售额增长70%以上；长春迪瑞实业有限公司及其医疗检测产品，近两年来年销售额增长102%以上。而且企业均已成为长春发展高新技术产业中的重点企业。

    目前，长春市科技局已从科技三费中划出300万元，作为创新基金的专项经费使用，主要用于为国家和省创新基金项目的配套匹配资金，现已支出163.56万元（包括通过长春高新区管委会和省科技厅推荐立项的项目）。长春市目前还没有设立市本级的创新基金项目。